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别藻蓝蛋白（Allophycocyanin, APC）是从红藻或蓝-绿藻的不同种属中提取的藻胆蛋白（Phycobiliprotein），每种生成的分子结构形式上仅微弱差异。APC由2个不同的亚基组成（α亚基和β亚基），每个亚基含一个藻蓝素发色基团（Phycocyanobilin, PCB）。APC的亚基结构确定为(αβ)3，分子量约为105,000 Daltons。 -
R-藻红蛋白（PE）是从红藻中分离出来的。其主要吸收峰位于565nm，次要吸收峰位于496和545nm。不同类型的R-PE之间次级峰的相对突出程度存在明显差异。PE有三种类型的亚基：α（20000daltons）、β（20000daltons）和γ（30000daltons），PE的α亚基仅含有藻红蛋白（PEB）发色团，而β和γ亚基同时含有PEB和藻胆蛋白（PUB）。不同类型PE吸收光谱的可变性反映了亚基PEB/PUB比值的差异。PE和与B-PE是最强烈的荧光藻胆蛋白，量子效率可能超过90%，在任何中等浓度的溶液中，其橙色荧光都很容易被肉眼看到。 -
PerCP是从Dinophycae sp.中分离出来的。它具有高的消光系数、高量子效率和较大的斯托克斯位移。它在488nm处激发，其最大发射峰在677nm处。PerCP蛋白常用于荧光免疫标记，特别是在荧光激活细胞分选（FACS）的应用中。其花菁串联偶联物（如PerCP-Cy5.5）可以用标准的488nm激光激发，并在远红光区域发出更长波长的光，适用于对细胞进行多色流式细胞术分析。 -
绿色荧光蛋白（Green Fluorescent Protein, GFP），通常称作增强型绿色荧光蛋白（Enhanced Green Fluorescent Protein, EGFP），广泛使用的一种野生型绿色荧光蛋白（wt-GFP）变体。wt-GFP天然存在于水母（Aequorea victoria）中，1962年被Osamu Shimomura发现，鉴定为化学发光蛋白-水母发光蛋白（Aequorin）的伴侣蛋白。wt-GFP分子量为26,854.26 Da，等电点（PI）为5.80。wt-GFP具有一个次激发峰（波长：~490nm）和主激发峰（波长：395nm），两个的最大发射峰都在505nm。wt-GFP的主要特征在于普遍用于生物化学和细胞生物学领域。wt-GFP具有独特的发光特性，不依赖任何辅因子或底物，只需分子氧。因此，常将wt-GFP和目的蛋白的基因融合表达，用来监测目的蛋白表达或定位模式。 -
RiboGreen是一种超灵敏的荧光核酸染料，用于溶液内RNA的定量检测。在大量分子生物学实验过程中对微量RNA的检测和定量特别重要，这些过程包括：体外转录RNA产量的测定，以及在进行Northern Blot、S1核酸酶实验、RNase保护实验、cDNA文库制备、逆转录PCR和差异显示PCR前对RNA浓度的测定。 -
革兰氏染色法（Gram Stain）是细菌学中广泛使用的一种鉴别染色法，于1884年由丹麦医生Christain Gram所创立。由于未经染色的细菌与周围环境折光率差别甚小，在显微镜下极难观察。而经染色后的细菌与环境形成鲜明对比，能清楚观察到细菌形态、排列及某些结构特征，则可用来鉴别细菌，把众多细菌分为两个大类：革兰氏阳性菌（G+）和革兰氏阴性菌（G-）。染色原理在于：首先，细菌经初染液（结晶紫）初染成蓝紫色，再加媒染液与结晶紫结合成结晶紫-碘的复合物，增强了染料与细菌的结合力。革兰氏阳性细菌的细胞壁主要由肽聚糖形成的网状结构组成，壁厚、类脂含量低，当用脱色液脱色时细胞壁脱水、使肽聚糖层的网状结构孔径缩小，透性降低，从而使结晶紫-碘的复合物不易被洗脱而保留在细胞内，经脱色和复染液复染后仍保留初染时的蓝紫色。然而，革兰氏阴性菌（G-）的细胞壁类脂含量多，肽聚糖层较薄且肽聚糖为平面片层结构，易被脱色液溶解，使细胞壁通透性增高，结合的结晶紫-碘染料复合物容易泄漏，细菌被脱色为无色，再被复染液复染成红色。
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卢戈氏碘液（Lugol's Solution）又叫鲁哥氏碘液、Lugol's碘液，是碘与碘化钾的水溶液，由Lugol在1829年发明并且以其姓名命名，被用于消毒剂和杀菌剂，用于饮用水的应急消毒。实验室中用于检测叶片、食物等样品中的淀粉，可将不同聚合度的淀粉染成黑色或蓝黑色；用于细胞染色，能使细胞核着色从而更易观察；革兰氏染色中用作媒染剂与结晶紫联合使用，对细菌进行染色。
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弹力纤维（Elastic fibers）主要分布在人体的动脉壁、肺泡壁、皮肤，新鲜的弹力纤维呈黄色，折光性强。常用的弹力纤维染色法包括：Gomori醛品红法、间苯二酚碱性品红法、地衣红法、维多利亚蓝法和铁碘苏木素法等。弹力纤维染色可以显示皮肤组织中弹力纤维的变化，比如弹力纤维痣、皮肤环状肉芽肿、硬度病等；还能显示与判定心内模集及动脉的病变；观察某些病变中是否伴有弹力纤维的增生或破坏；还可以用来鉴别肿瘤组织如弹力纤维瘤，经过弹力纤维染色后，能清晰见到瘤体内的弹力纤维球。
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胶原纤维（Collagen Fiber）是结缔组织中分布最广、含量最多的一种纤维，广泛分布在各种脏器，以皮肤、巩膜、肌腱最丰富。I型胶原纤维主要是骨、皮肤、肌腱纤维。II型胶原纤维主要是软骨胶原。III型胶原纤维主要在胚胎组织、成人血管、胃肠道。IV型胶原纤维主要在基膜内。
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天狼星红染色（Picro Sirius Red Stain）是一种简单和灵敏的方法用于鉴定组织切片中的胶原纤维网络，通过形态成像分析来定性或定量鉴别退行性病变和遗传性或后天性疾病内胶原网络的异常变化。天狼星红是一种强且线性的阴离子染料，包含6个磺酸基，能够与阳离子胶原纤维牢牢结合。偏振光检测下，胶原纤维有正的单轴双折射光属性，当与天狼星红染料结合后，胶原的天然双折射属性得以增强，从而能区分两型胶原纤维。
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