内毒素(Endotoxin)是革兰氏阴性菌细胞壁上的一种脂多糖，它能引起哺乳动物发热，甚至会导致动物休克。常规的质粒纯化试剂盒由于无法去除内毒素的污染，从而大大降低了质粒转染的效率。Omega公司采用独特的内毒素吸附缓冲液(ETR Binding Buffer)，能有效去除质粒中的内毒素污染，纯化的质粒中内毒素含量小于0.1EU/µg，可大大提高转染实验效率和动物注射效果。
从培养过夜的菌液中收集细菌后，采用经典的碱裂解法裂解细菌，离心去除染色体DNA和蛋白质，得到含有质粒和内毒素的上清液，加入ETR Binding Buffer吸附去除内毒素并调节结合条件并转移至硅胶柱，离心吸附质粒DNA，经三种溶液洗涤去除残余蛋白质和各种杂质，最后用 Endotoxin-Free Elution Buffer洗脱出质粒DNA。
